В 1976 году у Сергея Никоненко родился сын Никанор. Но с кино свою жизнь наследник не связал. "В шестилетнем возрасте он снялся у меня в небольшой роли, где надо заплакать, – рассказал актер. – Я никогда и пальцем его не тронул, а тут, чтобы вызвать слезы, пришлось шлепнуть. Он заревел – скорее от обиды и неожиданности, нежели от удара. А я скомандовал: "Играй, сынок, любой подарок тебе куплю!" И он сквозь слезы и рыдания произнес текст – замечательно сыграл два дубля подряд. Но потом попросил за эту немецкую железную дорогу – пришлось покупать".
Никоненко говорит, что для родных он – папа, дедушка, но никак не звезда и не кумир. "Дети и внуки никак не реагируют, когда видят меня на экране, – признается Никоненко. – Они вообще меня в грош не ставят в этом плане (улыбается). Для домашних, а особенно для внука, я совсем не кумир. Он не понимает, что такое известный человек, артист".
"И слава Богу, что не кумир, – считает Сергей Петрович. – Внуку Пете 15 лет, но он деда интеллектуально давно перерос. В два года Петя уже чисто говорил. К трем знал марки всех машин! А сейчас фанатично увлечен химией. Сейчас отдыхали в Крыму, а он в это время по 6-7 часов в день сидел с книгами и занимался. Я же ненавидел химию, тригонометрию. Однажды заглянул в его рабочую тетрадь – если бы вы видели, чем она исписана! Сплошные формулы! Я его выгоняю гулять, хотя меня в его годы было не загнать домой. Он в детстве хотел быть ботаником, я ему даже купил микроскоп. А потом решил стать химиком. Помню, как в 12 лет потащил меня в Дом книги на Новом Арбате и заставил накупить кучу книг по химии. Сейчас он задумал стать врачом".
Есть у Никоненко и красавицы-внучки – Лиза и Катя. "Катеньке девять, и вот она может быть станет артисткой, – радуется Сергей Петрович. – Она и танцует, и поет, крутится-вертится. А как она сказки читает!"